Viele Hersteller von Mikrocontrollern bieten sogenannte Evaluation Kits an, mit denen man die Bausteine programieren kann. So gibe es z,B, von Atmel das STK500.
Diese Kits sind meist recht umfangreich und teuer, im normalen Laborbetrieb benötigt man aber oft nur die Programmierfunktion. Im Netz gibt es deshalb eine Reihe leicht aufzubauenden Programmer für Atmel (und andere ) Controller.
Hier einige Links zu praxistauglichen Schaltungen

Hier finden Sie Grundlagen, Einführung, Berechnung, Schaltplan, Theorie,Platine Bausatz und weitere Informationen für die Reparatur und den Selbstbau zum Thema Microcontroller Programmiergeräte Atmel